Пётр Алексеевич, краска к сожалению имеет слишком большую толщину, поэтому я рекомендовал маркер на спиртовой основе. Чёрный маркер редко попадается на водной основе (вода собирается в капли), а цветные редко на спиртовой (бумагу маркеровать спирт не нужен).
Сборка магнитопровода выполняется вперекрышку, чем ближе пластины друг к другу, тем больше будет индуктивность обмотки в сборе. Сжимать пермаллой нельзя, только расслабленное состояние, фиксация клеем или лаком. Если бы Вы покрасили маркером, то индуктивность осталась бы на уровне не менее 20 Гн, только из-за потери одной внешней пластины, которую приходится выдирать как получится.
Изолировать пластины нужно для снижения потерь на вихревых токах, чем лучше изоляция, тем больше ВЧ можно получить с трансформатора, практически под предел. Чем тоньше изоляция, тем плотнее сборка, больше индуктивность в сборе.
По поводу зажимов
Исключите болты, припаивайте медный провод первичной обмотки непосредственно к площадкам, ...или толстый многожильный медный провод 1.75 кв. мм к площадкам, и провода уйдут в кожух трансформатора, там их припаять к первичной.