В чем смывсл джампера?
Про его роль ви поняли правильно .В оригинали его нет и какова в нем необходимость известно только автору модификации .
Получается, что если выкрутить гейн/громкость на максимум, то разница в звуке междлу разными диодами будет незаметна?
"Гейн" , громкость будет отличаться . На диодах собран двухсторонний ограничитель амплитуди виходного сигнал (после усиления на операционном усилителе ) .От их полупроводникового материала зависить напряжение при котором происходить ограничение , оно нелинейное как и ВАХ самого диода . Соответственно будет меняться виходное напряжение которое можно получить . Почему не меняеться характер ограничения при максимальном гейне ? - каскад усиления на ОУ ограничивает сигнал очен ровно обрезая "верхушки" , максимум сигнала на его виходе всегда находиться на одном участке ВАХ диодов и ее нелинейность уже несказиваеться .
Совсем по другому пока не наступает ограничение сигнала в ОУ , тогда характер ограничения определяеться типом диодов .
Еще важную роль имет резистор R12 , фактически уменьшающий внутренне сопротивление источника питания .В етом легко убидиться шунтирововав его перемичкой или резистором сходого номинала .
Такая вот простая педалька

.
UPD : Так как по ссилке схема YJM308 и обсужение вокруг нее , возможно стоит периименовать тему ?